Различные источники по-разному предлагают рассматривать роль полыни в магии. Но все сходятся в одном. Это наиболее эффективное средство против русалок и схожих с ними мифологических персонажей славянского фольклора. И чаще всего полынь применяли на Троицкой неделе – в период появления русалок. Полынь, "трава окаянная, бесколенная", при борьбе с русалками считалась "снадобьем, равносильным священной вербе и свечам Страстной недели", а также ладану. В России, на Украине, в Полтавской губернии, в Харьковской губернии , да и в других городах и селах полынь и подобные ей травы раскидывали по дому, клали на окна, пороги, под стрехи домов, дабы защититься "от русалок, выходящих в эту ночь из своих вод на сушу", а если "на зелене свята" приходилось ночевать на открытом воздухе, клали ее под голову. От нападения русалок носили с собой полынь; ее же бросали в воду, если все же случалось купаться. Защищаясь от мавок, украинские девушки носили полынь за пазухой; ее вплетали в косы, полагая, что тогда русалка не станет их щекотать. Болгары и сербы приписывали ей способность «отгонять самодив, караконджулов и демонов болезней». Интересно, что вовсе не обязательно было носить с собой само растение; считалось, что даже одного названия полыни достаточно, чтобы русалки разбежались. Во многих контекстах полынь встречается не одна, а вместе с каким-либо растением, либо синонимичным ей по отгонной функции (зоря, любисток Levisticum officinalis L.), либо, напротив, привлекающим русалок (мята, петрушка). И не забудьте при встрече с русалками о простейшем заклинании. На вопрос русалки "що в тебе в руках?" полагалось отвечать "полынь", - тогда она скажет: "цур тоби, пек тоби! згынь!" и исчезнет.

В Пруссии, Баварии и других германских землях полынь использовалась в тех же целях, что рябина в Шотландии - то есть, для защиты от ведьм. Прусские фермеры складывали стожки из этой травы на въездах и вокруг лугов, где паслись коровы, чтобы защитить животных и их молоко от ведьм.

В Японии жители ограбленного дома, обнаружив следы грабителя, жгут на них полынь, чтобы уязвить его ноги и не дать ему убежать от полиции.

Существует также довольно много суеверий, связанных с полынью, которые касаются ухода за глазами. Считалось, что если посмотреть на пламя костра, зажженного в честь летнего солнцестояния, сквозь пучок полыни, то это обеспечит хорошее зрение в течение года.
В некоторых источниках полынь упоминается в составе зелья «противу усталости». Полынный сок, выпитый из яичной скорлупы, или мазь из полыни, приготовленной на свином смальце, помогали от общей усталости. Путникам рекомендовалось положить полынь в башмаки утром, чтобы идти без усталости много миль.

Полынь кустарниковая является одним из символов любви. Народные ее названия - "молодой любовник", "поцелуй меня скорей", "девичья погибель". Согласно иной интерпретации, полынь символизирует старость. Отсюда другое народное название кустарниковой полыни - "старик". Является также знаком шутливости.